Соловецкий монастырь (Спасо-Преображенский Соловецкий монастырь) возник в 1420—1430-е годы, отстроен в камне. Церковную реформу патриарха Никона монастырь осудил как ересь, отстаивал страрообрядческую традицию. Противостояние приняло форму осады (т. н. Соловецкое сидение), которая продлилась с 1668 по 1676 год. В 1676 крепость была взята.
С XVI и до начала XX века монастырь также служил политической и церковной тюрьмой. По разным подсчётам, со времён Иоанна Грозного до 1883 г. через тюрьму Соловецкого монастыря прошли от 500 до 550 узников, среди которых такие заметные личности, как П. А. Толстой, В. Л. Долгоруков, П. И. Калнышевский. Соловецкая тюрьма существовала до 1883 г., когда из неё были выведены последние узники, но караульные солдаты содержались в ней до 1886 г. После официального закрытия тюрьмы Соловецкий монастырь продолжал служить местом ссылки для провинившихся служителей церкви.
В 1920 году монастырь было решено ликвидировать: приказ о ликвидации отдал М. С. Кедров. Культурные ценности монастыря и большие запасы продовольствия были реквизированы. На территории монастыря располагается лагерь принудительных работ. В 1923 был учреждён Соловецкий лагерь особого назначения (СЛОН), преобразованный позднее в 1937 году в Соловецкую тюрьму особого назначения — СТОН, расформированную в 1939. Значительную часть заключённых составляли так называетмые. «политические» — духовенство, офицеры белого движения, эсеры, интеллигенция.
С 1942 года по октябрь 1945 года в монастыре в течение 3 лет базировалась часть Соловецкой школы юнг, при учебном отряде Северного Флота, готовившихся к боевым действиям, открыта 25 мая 1942 года по приказу наркома ВМФ СССР Кузнецова Н. Г. В 1967 году создан Соловецкий музей-заповедник, реорганизованный в 1974 году в Соловецкий государственный историко-архитектурный и природный музей-заповедник, продолжающий существовать и по возобновлении монашеской общины. Монашеская жизнь возобновлена 25 октября 1990 года.
